在周末包机初期阶段，双方同意每周各飞18个往返班次，共36个往返班次。根据市场需求等因素适时增加班次。此外，每周台湾方面至上海（浦东）的班次不超过9个往返班次；大陆方面至台中清泉岗的班次不超过6个往返班次。

　　周末包机方案一公布，两岸各家航空公司纷纷表示目前公司已经做好了全面准备以应对包机。东航表示已制订开航倒计时工作时间表，积极筹备台湾航线开航事宜，并将每周开一次例会分阶段落实各项工作。东航拟在台湾地区设置两个营业部：台北营业部和高雄营业部，负责当地客货运销售和营运业务等。6月14日，东航将派出由总经理曹建雄带队的商务洽谈团赴台湾磋商地面代理、市场营销、机务保障、服务标准、航空配餐等开航准备工作。

　　南航有关负责人则表示，董事长刘绍勇将作为责任机长亲自驾驶空中客车A330客机执飞南航首班两岸周末包机。南航目前已经完成包括制定航班计划及落实运力安排、机场起降时刻、公布运价等66项准备工作，将使用波音777、波音757，空中客车A330、A320等性能最优的机型执飞包机航线。此外，南航还将于6月23日在广州和台湾最大的航空公司中华航空股份有限公司签署战略合作协议，为两岸周末包机业务进行全面合作。

　　国航方面则透露，国航将选用5架吉祥号飞机执行两岸周末包机航班，选派多次执行过两岸包机任务的经验丰富的机组和会讲闽南话的乘务员执行航班任务。6月15日，国航将派一个专门的商务考察团赴台北进行市场考察，并与华航、长荣航空股份有限公司进行有效的业务对接。

　　尽管目前36个班次究竟如何分配还未公布，但是各家航空公司已经对上海等一些热门航点摩拳擦掌，并希望获得尽可能多的班次。